对于生殖器疱疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，治疗还不能彻底清除病毒，阻止疾病的复发。目前治疗分一般性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗，这些治疗都是必要的。一般性治疗事实上是对症治疗，而抗病毒治疗是对因治疗，中医中药治疗多通过辨证施治，标本兼治，有效地阻止复发。
(1)一般疗法
①主要是保持局部清洁、干燥及疱壁完整。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。
②并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。
③局部疼痛明显者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
④精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理。
⑤女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以除外子宫颈癌。
(2)抗病毒药治疗
①无环鸟苷 被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
②三氮唑核苷 是一种鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
③免疫刺激剂 口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。
(3)中医中药治疗 中医治疗主要是根据症状、体征，结合舌脉，一般将本病分为三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气不足，分别给予不同的治疗方法
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